学科布局规划是建设一流研究所的基本条件，学科建设是衡量研究所总体水平的重要标志之一。慈溪医工所高瞻远瞩，勇于打破传统学科壁垒，从人口健康战略出发，医工所围绕“诊断-治疗-康复”人口健康产业价值链，布局先进诊疗材料与技术、生物医用材料与器械、数字诊疗技术与装备三大领域。重点开展重大疾病先进诊断材料与技术、智能医学影像分析技术、二代基因测序试剂与技术、内植入生物医用高分子材料、表面生物功能涂层技术、康复医疗器械等研究。为聚集全世界高层次人次，培育高新技术产业，推动科技与经济紧密结合，促进本地区生命健康产业发展，进一步提升区域科技创新能力，从中凝练产业发展中的重大科学问题和发展趋势，牢牢把握学科前沿和技术创新需求，并以中科院研究机构的优势来支撑和引领产业发展。
“十四五”规划期间，医工所将全面贯彻落实科学发展观，立足自身定位、围绕产业需求，把握学科前沿及发展趋势，促进学科交叉融合，以改革创新为动力，以学科建设为龙头，以人才队伍建设为关键，以提升科学研究水平为核心，以提高人才培养质量为重点，以装备优良的科研平台为支撑，瞄准生物医学工程的前进方向和国家生命健康产业的主战场，力争成为医疗器械研发、评估和示范应用的国家级平台，高新技术培育和孵化的基地，本地区生命健康产业创新发展的引擎，为国家和区域生命健康产业的发展提供人才和技术支撑。
